近年、サイクロンや干ばつなどの自然災害が頻発・激甚化するなど、気候変動の影響が深刻化しています。この国のCO2排出量が世界の排出量に占める割合はわずか0.01％にもかかわらず、「子どもの気候危険指数」（子どもへの気候変動の影響を示す新国土）は世界10位です。2020年〜22年には過去40年で最悪といわれる干ばつに見舞われ、2023年には南半球で観測史上3番目に多い犠牲者を出したサイクロン「フレディ」によって、19万人が直接的な影響を受けました。

災害からの復興の遅れに、エルニーニョ現象やラニーニャ現象などの影響と相まって、南部と南東部では食料危機と栄養危機が長期化しています。2025年１月〜4月の食料備蓄が減少する時期には、食糧安全保障のさらなる悪化が懸念されています。総合的食料安全保障レベル分類(IPC)によると、最も影響が大きい地区では、すくなくとも人口の20%が「フェーズ３」以上の深刻な急性食料不安に直面するといわれています。その結果、およそ36万5,000人の子どもが急性栄養不良に苦しみ、うち8万5,000人は命を脅かす重度の急性栄養不良に陥ることが予想されています。

１歳未満児の29%が予防接種を1回も接種していません。この予防接種率の低さに、適切な水と衛生サービスへのアクセス欠如が重なり、2023年には23県中15県でワクチン由来１型ポリオが流行しました。マラリアの流行も、脆弱なマダガスカルの保健サービスをさらに疲弊させる一因となっています。南部と南東部の６県では2024年１月から9か月間で120万件以上のマラリア患者が報告されました。サイクロン被害を受けた地域では、20の保健センターが一刻も早い復旧を必要としています。